ISBN 9783843905152

978-3-8439-0515-2, Reihe Statistik

Alexander Gribov
Strukturierte hochdimensionale Visualisierung mit der Anwendung auf genomische Daten

232 Seiten, Dissertation Universität Augsburg (2012), Hardcover, D4

Zusammenfassung / Abstract

Die vorliegende Dissertation beschäftigt sich mit einer strukturierten hochdimensionalen Datenvisualisierung und als Anwendung mit verschiedensten Aspekten für die explorative Analyse von Microarray-Daten.

Eine besondere Rolle für eine effektive graphische Darstellung der Daten allen voran mit Hilfe von Heatmaps spielen die so genannten Seriation-, Clustering- und Biclustering-Methoden. Die Festlegung auf ein bestimmtes Verfahren kann das Ergebnis enorm beeinflussen und daher ist die Entwicklung und Beschreibung von Ansätzen zur Visualisierung und Vergleich der Resultate dieser Methoden ein wichtiger Bestandteil dieser Arbeit. Insbesondere können hierfür statistische Plots wie Konfusionsmatrizen und Parallel-Koordinaten-Plots unterstützt mit speziell entwickelten Sortierungsalgorithmen eingesetzt werden.

Eine wesentliche Leistung dieser Dissertation ist die Entwicklung einer neuen interaktiven Software Seurat für die Visualisierung und integrierte Analyse von mehreren Typen von Micoroarrays, Genannotationen sowie klinischen Daten zu entsprechenden Experimenten. Hierfür wurden Konzepte zur Verknüpfung verschiedener Daten, Realisierung von der Selektion sowie einigen speziellen medizinischen Plots wie Karyogrammen und Eventcharts im interaktiven Kontext entwickelt und in der Software zusammen mit eingebrachten Ansätzen für eine effiziente Arbeit mit Seriation-, Clustering- und Biclustering-Methoden implementiert.