ISBN 9783843917247

978-3-8439-1724-7, Reihe Organische Chemie

Simone Egetenmeyer
Erkennung von RNA-Strängen durch DNA-Sonden mit Segmentierungen oder molekularen Kappen

195 Seiten, Dissertation Universität Stuttgart (2013), Softcover, A5

Zusammenfassung / Abstract

Eine Möglichkeit zur Erhöhung der Duplexstabilität und Verbesserung der Basenpaarungsselektivität am Terminus eines Duplex bieten „Molekulare Kappen“. Diese sind nicht nukleosidische kleine Moleküle, die kovalent an den Terminus der Oligonukleotidsonde gebunden sind und den Terminus des Duplex abschirmen.

Im Rahmen dieser Arbeit wurde eine SAR-Studie durchgeführt, um eine molekulare Kappe für den 5'-Terminus von DNA:RNA-Duplexen zu finden, die zu erhöhten UV Schmelzpunkten führt, falls komplementäre Basenpaare am Terminus vorliegen. Zu diesem Zweck wurden 80 Oligonukleotide mit verschiedenen 5'-terminalen Substituenten synthetisiert und im UV-Schmelzkurvenexperiment untersucht. Es wurde gezeigt, dass Oxolinsäure als molekulare Kappe besonders geeignet ist, wenn sie durch eine verbrückende Einheit (Linker) an den 5'-Terminus gebunden ist.

Der Einfluss dieses Linkers auf die Aktivität der molekularen Kappe konnte gezeigt werden, wobei als optimaler Linker wurde eine Kombination aus Prolinol und Glycin identifiziert wurde.

Mit diesen modifizierten Oligonukleotiden ist es möglich weitaus verbesserte Basenpaarungsselektivität und Duplexstabilität von DNA:RNA-Duplexen zu ermöglichen.