ISBN 9783843920315

978-3-8439-2031-5, Reihe Organische Chemie

Francesco Falvo
Synthese und Anwendung neuer CID-labiler Cross- Linker zur tandem-MS Strukturanalyse von Proteinen

264 Seiten, Dissertation Universität Köln (2014), Softcover, A5

Zusammenfassung / Abstract

In den letzten Jahren hat sich die Kombination von chemischen Cross-Linking (XL), enzymatischer Spaltung und anschließender tandem-MS-Untersuchung als eine gute Methode zur Bestimmung von Proteinstrukturen bewährt. Am weitesten eingesetzt werden die aminreaktiven N-Hydroxysuccinimidester, die bevorzugt über die primären Amine von Proteinen quervernetzen. Im Verlauf dieser Arbeit konnten vier neue homobifunktionelle NHS-Ester hergestellt werden, welche sich sowohl strukturell als auch von ihrem Fragmentierungsverhalten unterscheiden. Die Reagenzien zerfallen mittels kollisionsinduzierter Dissoziation (CID) unter Verlust von Neutralteilchen und Bildung von charakteristischen Produktionen. Dieses Verhalten ermöglicht eine selektive und effektive Unterscheidung zwischen quervernetzten und unmodifizierten Peptiden. Das Fragmentierungsverhalten der neuen Cross-Linker wurde durch Derivatisierung an verschiedenen Modellpeptiden und Proteinen überprüft, wobei die anschließende tandem-massenspektrometrische Untersuchung mittels MALDI-TOF/TOF und ESI-MS/MS realisiert wurden. Die Ergebnisse zeigen, dass neben unerwartet auftretenden Fragmentierungen insbesondere das analytische Konzept von MS-spaltbaren Cross-Linker bestätigt werden konnte. Dadurch wurde die Identifizierung von verbrückten Reaktionsprodukten aus komplexen proteolytischen Mischungen stark vereinfacht.